تمثَّل رتبة الخفافيش في البلاد بثماني فصائل، تُظهر بوضوح التنوع الكبير الذي يميز الرتبة: خفاش كبير يتغذى على الثمار (الخفاش الثمري الشائع)، ونيشفون الذي يصطاد صغار الأسماك من الماء (نيشفون الجداول)، وخفاش يصطاد العقارب التي يجمعها من الأرض (ليلان)، والآشف المثير للإعجاب الذي يصطاد العثّ بسرعة في أثناء طيرانه، وغير ذلك. للاطلاع على الأنواع وصفحات الفصائل، يُرجى استخدام القائمة المنسدلة أو قائمة الروابط في أسفل هذه الصفحة
 

تُعرض خفافيش إسرائيل هنا بحسب التقسيم التصنيفي إلى فصائل: 
فصيلة الآشبئيم (Molosidae)
تبدو معظم الأنواع في الفصيلة ضخمة وقوية، وهي تتميز بقدرات طيران متطورة. 
فصيلة النيشفونييم (Vespertilionidae) 
أكبر فصائل الخفافيش. 
فصيلة الأشمئيم (Emballonuridae) 
فصيلة ذات انتشار واسع نسبيًا، يمتد عبر المناطق المدارية وشبه المدارية.
فصيلة يزنوبئيم (Rhinopomatidae) 
نوعان في إسرائيل. 
فصيلة ليلانييم (Nycteridae) 
توجد أساسًا في المناطق الجافة في إفريقيا. 
فصيلة خفافيش الفاكهة (Pteropodidae) 
في السابق كانت رتبة الخفافيش مقسمة إلى تحت رتبتين: خفافيش الفاكهة وخفافيش الحشرات. 
فصيلة פרספוניים (Hipposideridae) 
في الفصيلة نحو 60 نوعًا، توجد في المناطق المعتدلة في آسيا وأفريقيا وأستراليا. 
فصيلة פרספיים (Rhinolophidae)
 في جنس פרסף تُعرَّف 77 نوعًا